De 1525 a 1535 se produjeron en Aoiz algunas ejecuciones de personas consideradas como brujas o que practicaban la brujería.
También en el siglo XVI tiene lugar el nacimiento del Hospital de Aoiz que estuvo funcionando hasta el año 1945.
En 1749 se crea un fábrica de curtidos, cuyo oficio compartió con la fabricación de paños, el protagonismo industrial de la historia económica agoiska.
La Tercera Guerra Carlista (1872-1876) causó grandes hostilidades en la Villa por el establecimiento en ella de los liberales y el acoso de los carlistas desde los alrededores.